My-Otome's story takes place in the distant future on the planet Earl, colonized by immigrants from Earth centuries ago. "Old technology" has survived in the form of nanomachines that allow female virgins to take the role of Meist... In the distant future on the planet Earl, colonized by immigrants from Earth centuries ago. "Old technology" has survived in the form of nanomachines that allow female virgins wield Highly-advanced Materializing Equipment (HiME) and become Meister Otomes - bodyguards and warriors that serve the royalty of various kingdoms.Arika Yumemiya has come to Windbloom Kingdom in search of her mother, whom Arika knows was an Otome. On her arrival she meets the top Coral Otome student, Nina Wáng, and Windbloom's heir to the throne, Mashiro Blan de Windbloom. The series follows Arika's progress as a student at Garderobe Academy and the machinations of those desiring the destructive power of the old technology for themselves.

โทกิฮะ ไม นักเรียนแลกเปลี่ยน ได้เข้าเรียนที่โรงเรียนฟูกะ และได้รู้ว่ามีนักเรียนในโรงเรียนแห่งนี้จำนวนมากเป็นพวก ฮิเมะ ซึ่งต้องใช้พลังต่อสู้กับปีศาจและองค์กรที่ชั่วร้ายต่าง ๆ แต่พวกเขาก็ได้รู้ถึง
จุดประสงค์ที่แท้จริงเมื่อได้เข้าเรียนที่นี่ คือเพื่อปกป้องโลกและป้องกันสิ่งที่สำคัญที่สุดของพวกเขา ซึ่ง ฮิเมะ ทั้งหมดต้องมาต่อสู้กันเองเพื่อปกป้องคนที่รัก หาก ฮิเมะ คนใดแพ้สิ่งที่ ฮิเมะ ผู้นั้นรักที่สุด
ก็จะสลายหายไปเรื่องราวจะเป็นอย่างไร ต่อไปขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของฮิเมะ