After a crushing defeat by a new adversary, the Crisis Empire, Kôtarô Minami receives a miraculous and powerful new upgrade for his Kamen Rider Black persona, Kamen Rider Black RX, and thus battles the forces of Crisis.

หลังจากโกลกอมล่มสลายไปแล้ว 5 ปีผ่านไปโลกสงบสุขลง มินามิ โคทาโร่ หรือ ไรเดอร์ BLACK ก็ใช้ชีวิตแบบปกติชนทั่วไปโดยได้รับทำงานเป็นผู้ขับเฮลิคอปเตอร์ของตระกูลซาฮาระ ในขณะที่ทำหน้าที่นั้นเองโคทาโร่ไปพบกับกลุ่ม จักรวรรดิ์ไครซิส ได้ปรากฏตัวขึ้นมาและลักพาตัวโคทาโร่ไปยังอวกาศโดยบังคับให้โคทาโร่สวามิภักดิ์ต่อไครซิส โคทาโร่ปฏิเสธจึงทำให้ถูกไครซิสโจมตีและถูกทำลายคิงสโตน ทว่าระหว่างที่ล่องลอยไปในอวกาศร่างของโคทาโร่ต้องแสงอาทิตย์ทำให้คิงสโตนก่อปาฏิหาริย์ส่งผลให้โคทาโร่กำเนิดใหม่อีกครั้งในฐานะบุตรแห่งดวงอาทิตย์ คาเมนไรเดอร์ BLACK RX