An asteroid is headed for Earth and in order to avoid Earth's impending destruction, the ISDA create the "Dragonaut" after finding a dragon egg under the ocean. This weapon's primary purpose is to destroy the asteroid when the time comes. However, they soon find out that the asteroid is not their only threat, as powerful dragon-like creatures, which are bent on destruction, appear. After witnessing a murder by one of the creatures, Jin Kamishina, a lonely 18-year-old boy who lost his family in a shuttle accident, gets involved in the mysteries of the dragons and becomes the chosen pilot of the Dragonaut. Helping him on his journey is Toa, a mysterious girl who saves him from falling to his death after the creature attacks him.

หลายปีก่อนเรื่องราวจะเริ่มต้น ดาวเคราะห์น้อยที่มุ่งหน้าไปยังโลกได้ทำลายดาวพลูโต เนื่องจากการทำลายล้างของดาวพลูโต ดาวเคราะห์น้อยที่ถูกขนานนามว่าทานาทอสจึงหยุดนิ่งชั่วคราว ตอนนี้ เพื่อหลีกเลี่ยงการทำลายที่ใกล้จะเกิดขึ้นของโลก สำนักงานพัฒนาระบบสุริยะสากล (ISDA) ทำงานใน  โครงการ D  และสร้าง  Dragonaut  หลังจากพบไข่มังกรใต้มหาสมุทร จุดประสงค์หลักของอาวุธนี้คือการทำลายดาวเคราะห์น้อยเมื่อถึงเวลา อย่างไรก็ตาม ในไม่ช้าพวกเขาก็พบว่าดาวเคราะห์น้อยไม่ใช่ภัยคุกคามเพียงอย่างเดียวของพวกเขา เนื่องจากสิ่งมีชีวิตคล้ายมังกรที่ทรงพลังซึ่งมุ่งทำลายล้าง ได้ปรากฏขึ้นบนโลก
   หลังจากเห็นการฆาตกรรมโดยสิ่งมีชีวิตตัวหนึ่ง Jin Kamishina เด็กชายอายุ 18 ปีที่โดดเดี่ยวซึ่งสูญเสียครอบครัวไปจากอุบัติเหตุรถรับส่งเมื่อสองปีก่อน ได้เข้าไปพัวพันกับความลึกลับของมังกรและกลายเป็นนักบินที่ได้รับเลือกจาก Dragonaut ผู้ช่วยในการเดินทางคือโทอา เด็กสาวลึกลับที่ช่วยเขาจากการล้มตายหลังจากสิ่งมีชีวิตโจมตีเขา เมื่อพวกเขาเข้าไปลึกในความลึกลับของมังกร พวกเขาพบเพื่อนและศัตรูใหม่ และเริ่มพัฒนาความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดยิ่งขึ้น