By 2039, global warming had caused sea levels to rise and large amount of territory to be lost. As though in response, a mysterious group of warships clad in mist, “the Fleet of Mist,” appeared in every corner of the ocean, and began attacking human ships. In spite of humanity mustering all their strength, they were utterly defeated by the Mist's overwhelming force. All of humanity's trade routes were blockaded by the Fleet of Mist, their political economy was destroyed, and the human race was steadily beaten down. Seven years later, the Fleet of Mist's submarine I-401 appears before cadet Gunzo Chihaya. The humanoid life form that pilots the sub, who should be their enemy, is instead offering her services to mankind.

 ในปี ค.ศ.2039 ผลกระทบที่รุนแรงจากภาวะโลกร้อนได้ทำให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้น ส่งผลให้สูญเสียแผ่นดินครั้งใหญ่ เพื่อให้แน่ใจว่ามนุษยชาติจะได้เรียนรู้บทเรียน กองเรือรบทรงพลังที่ติดตั้งอาวุธขั้นสูงได้ปรากฏตัวขึ้น ทำให้เกิดความพ่ายแพ้อย่างท่วมท้นสำหรับกองทัพเรือทั่วโลก เรือแต่ละลำเรียกตัวเองว่ากองเรือหมอกมี ร่างจำลองซึ่งเป็นอวตารมนุษย์ซึ่งแสดงถึงหัวใจของเรือ นั่นคือ  Union Core  โมเดลแต่ละแบบมีบุคลิกที่แตกต่างกัน แต่ทั้งหมดนั้นปฏิบัติตามอำนาจที่ไม่รู้จัก ซึ่งรู้จักกันในชื่อ Admiralty Code ซึ่งได้ทำการปิดล้อมเพื่อป้องกันไม่ให้มนุษย์เดินทางข้ามทะเล

สิบเจ็ดปีหลังจากการปิดล้อม กุนโซ ชิฮายะ ศิษย์เก่าของสถาบันนาวิกโยธินแห่งชาติ ได้พบกับ I-401 และร่างจำลอง Iona ซึ่งเข้าข้างมนุษยชาติโดยไม่ทราบสาเหตุ การใช้ความหวังใหม่นี้ในการบรรลุสันติภาพสำหรับมนุษยชาติ กุนโซและเพื่อนๆ ของเขาได้จัดตั้งกลุ่มของเอกชนที่เรียกว่าบลูสตีล เพื่อพวกเขาได้ออกเดินทางสู่อันตราย